Ambientado num futuro próximo, Yu-Gi-Oh! GX narra a história do garoto Jaden Yuki (Judai Yuki na versão original) a partir do momento em que começa a lutar numa academia de duelistas, a Duel Academy, pertencente a Kaiba Corp. A academia tem como objetivo desenvolver ao máximo o potencial de luta de seus alunos, que são divididos em três grupos: no Obelisco Azul está a elite, no Ra Amarelo estão aqueles com potencial e no Slifer Vermelho os jogadores de nível mais baixo. Enquanto está a caminho dos exames de admissão para a Academia de Duelos, Jaden Yuki bate de frente com Yugi Muto, o Rei dos Jogos. Yugi desconfia que Jaden deva ser um duelista e ele confirma. Yugi decide dar de presente para Jaden uma carta de duelos de boa sorte. Logicamente Jaden irá se deparar com vários inimigos e precisará lidar com os constantes duelos entre rivais fortes como Jun Manjoume (Chazz Princeton), o "melhor" aluno do Obelisco Azul e o malvado Chronos de Medici ( Dr. Crowler). Rapidamente Jaden se torna um dos melhores alunos da Duel Academy, apesar de estar no Slifer vermelho por suas notas Jaden chega a ir para o Rá amarelo, mais voltou porque não era a mesma coisa sem Sayrus Truesdale (seu melhor amigo), Jaden ganha para vários alunos do Obelisco azul, o unico obelisco que não derrotou foi Zane Truesdale. Apesar de serem jovens Jaden e seus amigos tem que salvar o universo e o mundo dos viloes que aparecem ao decorrer dos episodios.